در شش جدی سال ۱۳۵۸ نیروهای نظامی اتحاد شوروی در منازعه‌ی قدرت میان رهبران حزب دمکراتیک خلق به سود جناح ببرک کارمل و طرف‌داران تره‌کی مداخله کردند و حفیظ الله امین را به قتل رساندند. فردای آن روز روشن شد که اتحاد شوروی در فرودگاه خواجه‌رواش کابل و میدان طیاره‌ی بگرام حضور نظامی دارد و ستون‌های تانک ارتش سرخ در همان روز و روزهای پس از آن وارد افغانستان شد و سقف حضور نیروهای شوروی در این جا به صد هزار نظامی رسید.
مداخله‌ی نظامی قدرت‌های بزرگ در منازعه‌ی داخلی قدرت در افغانستان بی‌سابقه نبود. در قرن نزده بریتانیا در منازعه‌ی قدرت میان شهزاده‌گان سدوزایی و محمدزایی به سود شاه شجاع مداخله کرد و او را به تخت سلطنت کابل برگرداند. بیست سال پیش هم ایالات متحده و ایتلاف جهانی ضد ترور در جنگ طالبان و جبهه‌ی متحد به نفع دومی مداخله کردند که در نتیجه‌ی آن امارت ملامحمدعمر به تاریخ پیوست. بنابراین اتحاد شوروی نه اولین قدرتی بود که در منازعه‌ی داخلی قدرت افغانستان مداخله می‌کرد و نه آخرین. هدف از مداخله‌ی نظامی اتحاد شوروی در یک منازعه‌ی درون حزبی به سود یک جناح و استقرار نیروی نظامی سنگین در افغانستان، تامین منافع امنیتی این قدرت بزرگ بود. هند بریتانیایی هم به هدف تامین منافع امنیتی‌اش در جنگ قدرت میان شهزاده‌گان سدوزایی و محمدزایی مداخله کرد. مداخله‌ی نظامی ایالات متحده در جنگ بین طالبان و جبهه‌ی متحد هم اهداف امنیتی داشت.
بی‌ثبات شدن رژیم امین از اثر شورش‌های پراکنده‌ی در دهکده‌ها و نارضایتی شدید عمومی از حکومت او، احتمال سقوط حاکمیت حزب دمکراتیک خلق را تقویت کرده بود. مشکل دیگر این بود که در دوران زمام‌داری امین، شگاف‌های درونی حزب دمکراتیک خلق هم به اوج آن رسید. او هیچ کاری برای ترمیم این شگاف‌ها نکرد.
امین فرمانده کودتای هفت ثور سال ۱۳۵۷ بود. او بود که در شام شش ثور سال ۱۳۵۷ در واکنش به بازداشت رهبران حزب دمکراتیک خلق به شبکه‌ی این حزب در اردو دستور داد که علیه داوودخان کودتا کنند. افسرانی که داوودخان را سرنگون کردند در واقع از امین دستور می‌گرفتند، به همین دلیل بود که پس از کودتا بسیار قدرت‌مند ظاهر شد. عده‌ای به این باور اند که اصلا پس از کودتای هفث ثور، امین زیر نام حزب دمکراتیک خلق به قدرت رسید.
چنین به نظر می‌رسد که امین یک انقلابی استالینیست بسیار جاه‌طلب بود. او می‌توانست به ساده‌گی در تصمیم‌گیری‌های تره‌کی نفوذ کند. یک ماه پس از کودتای هفت ثور تنش میان جناح‌های خلق و پرچم اوج گرفت و تره‌کی تمام رهبران جناح پرچم از جمله ببرک کارمل را زیر نام سفیر به تبعید فرستاد. رهبران جناح پرچم به این باور اند که تره‌کی زیر نفوذ امین بود و به همین دلیل دست به تصفیه‌ی این جناح زد. این امر قاعده‌ی سیاسی حکومت تره‌کی را سست ساخت.
مشکل دیگر آن حکومت این بود که مشروعیت لازم سیاسی و اجتماعی از جامعه کسب نکرده بود. سلطنت ظاهر شاه و حکومت داوودخان که در واقع ادامه‌ی سلطنت زیر نام جمهوری بود، مشروعیت سنتی و دودمانی داشت. این نوع مشروعیت در فرهنگ، سنت‌ها، آیین و جهان ذهنی مردم این دیار، بسیار نیرومند بود. حزب دمکراتیک خلق نمی‌توانست مدعی مشروعیت سنتی و دودمانی باشد. این حزب مدعی مشروعیت انقلابی بود. مشروعیت انقلابی به آن صورتی که حزب دمکراتیک خلق و ایدیولوگ‌هایش تعریف می‌کردند، هیچ ربطی به سنت‌ها وفرهنگ سیاسی افغانستان نداشت. به همین دلیل بود که اصلاحات انقلابی آن حکومت در مورد مالکیت زمین و راه‌‌اندازی برنامه‌هایی برای سوادآموزی با مخالفت‌های گسترده در دهکده‌ها مواجه شد.
در چنین وضعیتی نیاز بود که تره‌کی و امین نه تنها جناح پرچم را با خود می‌داشتند بلکه با نیروهای چپی‌ای که سازمان و تشکیلات جداگانه داشتند نیز متحد می‌شدند. اما حکومت برخاسته از کودتای ثور به جای این که دیگر نیروهای چپی را جذب کند، با همه دشمن شد و شگاف خلق و پرچم اوج گرفت. با تبعید رهبران پرچم، نه تنها که وحدت درون سازمانی خلقی‌ها حفظ نشد بلکه کشیده‌گی میان تره‌کی و امین علنی گردید. امین می‌خواست که تره‌کی را هم از سر راه خود بر دارد و به تنهایی بر مسند ریاست حزب و دولت تکیه بزند. اوج‌گیری شکاف‌های سیاسی در درون حزب و نارضایتی عمومی از حکومت به دلیل بحران مشروعیت و سیاست بازداشت‌های خودسرانه و اعدام‌های بدون محاکمه، بقای حاکمیت حزب دمکراتیک خلق را زیر سوال برده بود.
روس‌ها ظاهرا درک کرده بودند که بدون تامین وحدت درون حزبی و تقویت قاعده‌ی سیاسی حکومت، بقای حاکمیت حزب دمکراتیک خلق دشوار است. به همین دلیل بود که کرملین از تره‌کی دعوت کرد تا در ماه سپتامبر سال ۱۹۷۹ در برگشت از نشست کشورهای غیر منسلک در ویانا از مسکو دیدن کند. تره‌کی به مسکو رفت و در آن جا با برژنف زمام‌دار وقت اتحاد شوروی به توافق رسید که امین را منزوی کند، جناح کارمل را به یک نحوی به قدرت برگرداند، قاعده‌ی سیاسی حکومت و حزب دمکراتیک خلق را وسیع بسازد و اقداماتی را روی دست گیرد که نارضایتی عمومی را مهار سازد.
اما امین ظاهرا قبل از برگشت تره‌کی از فیصله‌ای که در مسکو شده بود، اطلاع یافت. امین تصمیم گرفت که مسکو را در مقابل عمل انجام شده قرار دهد، از آن‌جایی که او زیاد قدرت‌مند بود، تره‌کی را پس از ورود به فرودگاه کابل زیر نظر گرفت و تا شام آن روز در ارگ بازداشت کرد. امین در اواسط سپتامبر ۱۹۷۹زمام‌امور حزب و دولت را رسما به دست گرفت و اعلام کرد که تره‌کی بیمار است و پس از چند روز خبر مرگ او را منتشر کرد.
اتحاد شوروی که در مقابل عمل انجام شده قرار گرفته بود، حکومت امین را به رسمیت شناخت، اما او به هیچ وجه حاضر نبود که قاعده‌ی سیاسی حکومت را با برگرداندن پرچمی‌ها به حزب و دولت و دل‌جویی از طرف‌داران تره‌کی و جلب نیروهای چپی دیگر وسیع بسازد. این امر سبب شد که سازمان مخفی پرچمی‌ها در کابل بر ضد امین فعال‌تر شود و نیروهای دیگر هم به فکر براندازی قهری حکومت شوند. امین در پاسخ به این وضعیت صرف خواستار افزایش کمک‌های نظامی اتحاد شوروی بود و نمی‌خواست قدرت را با جناح پرچم و دیگر نیروها به اشتراک بگذارد. برای طرف‌داران تره‌کی هم دیگر دشوار شده بود که با امین کار کنند. رهبران طرف‌دار تره‌کی مثل گلاب‌زوی و اسلم وطنجار پس از خلع تره‌کی از قدرت به سفارت شوروی در کابل پناهنده شدند. رهبران اسلام‌گرای نهضت اسلامی افغانستان که بعدا به جمعیت اسلامی تغییرنام یافت و در پاکستان به سر می‌بردند فعال‌تر شدند و در برخی از دهکده‌ها پایگاه‌های نظامی برای جنگ‌های چریکی ساختند.
این امر نگرانی اتحاد شوروی را بیشتر ساخت. مسکو ظاهرا به این نتیجه رسید که اگر اقدام نکند، به احتمال زیاد حکومت امین فرومی‌پاشد و در مجموع حاکمیت حزب دمکراتیک خلق سقوط می‌کند و از اثر سقوط این حاکمیت ، بخش‌های از قلمرو افغانستان یا تمام آن به دست نیروهای اسلام‌گرای مورد حمایت پاکستان و امریکا می‌افتد و این امر جنگ و ناامنی را به آسیای میانه می‌آورد. به همین دلیل بود که شوروی ایتلافی میان جناح کارمل و طرف‌داران تره‌کی شکل داد و با فرستادن نیروهای ویژه‌اش به قصر تاج‌بیگ امین را کشت. با قتل امین در شام شش جدی سال ۱۳۵۸ کارمل و طرف‌داران تره‌کی به قدرت رسیدند و کمیت بزرگی از نیروهای شوروی در افغانستان مستقر شد.
کارمل با رهایی زندانیان سیاسی، ایجاد جبهه‌ی ملی پدر وطن برای جلب نیروهای چپی دیگر و تلاش برای وسیع‌سازی قاعده‌ی حکومت تلاش کرد که سطح نارضایتی عمومی را کاهش دهد، اما این تلاش‌ها نتوانست جلو شورش‌گری ضد شوروی را بگیرد. با ورود نیروهای منظم شوروی به افغانستان، ایالات متحده و دیگر قدرت‌های مخالف شوروی در جنگ سرد، کمک‌های وسیع نظامی، تخنیکی و مالی در اختیار چریک‌های اسلام‌گرای ضد شوروی در افغانستان قرار دادند. این وضعیت منازعه‌ی افغانستان را بعد بین‌المللی داد و جنگی را کلید زد که تا حال ادامه دارد.
